Контролът на средствата от Европейския фонд за морско дело и рибарство ще се осъществява от Изпълнителна агенция „Сертификационен одит на средствата от европейските земеделски фондове“. Това реши правителството като намали броя на фондовете, попадащи в обхвата на контрол на Изпълнителна агенция „Одит на средствата от Европейския съюз“.

Промяната се прави с цел оптимизиране работата на агенциите и подобряване ефективността на системата за управление на програмата. Изменението няма да доведе до увеличаване на общата численост на администрацията. Ще се използват свободни щатни бройки на Министерството на земеделието и храните.

ИА „Сертификационен одит на средствата от европейските земеделски фондове“ изпълнява функции на сертифициращ орган за извършване одит за верността на финансовите отчети и изградената система за контрол в Разплащателната агенция по Европейския фонд за гарантиране на земеделието и Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони.